В НАЛИЧИЕ НА СКЛАДЕ КАТАЛОГ


Панель EpiTYPER для количественного анализа метилирования ДНК производства Agena Bioscience (США)


Панель EpiTYPER, работающая на базе генетического анализатора MassARRAY 4 от компании Agena Bioscience (США), это:

  • Система для распознавания метилированных последовательностей ДНК, включающая в себя программное обеспечение, реагенты, геномный масс-спектрометр MALDI-TOF
  • Анализ десятков и сотен образцов по CpG сайтам, 200-600 пар оснований. Обнаружение последовательностей, отличающихся по уровню метилирования менее чем на 5%.
  • Валидация баз данных по метилированию, валидация данных NGS и промоторным областям генов.
  • Более 400 научных работ посвященных онкологическим исследованиям, онтогенезу, диагностическим исследованиям, метаболизму и эпигенетике.

Преимущества системы генетического анализа MassARRAY

Анализ метилирования ДНК по протоколу EpiTYPER выполняется на системе генетического анализа MassARRAY - MALDI-TOF масс-спектрометре, который гарантирует надежное и точное обнаружение сигнала и количественную оценку.

Система генетического анализа MassARRAY может использоваться и для других методов анализа нуклеиновых кислот, в том числе для количественного генотипирования, профилирования соматических мутаций, обнаружения инсерционно-делеционных вставок (IDEL) и для анализа количественного копирования гена (CNV).

Все протоколы дизайна экспериментов гибкие, время получения результата составляет несколько часов. Адаптивные возможности системы предусматривают частичную загрузку чипа и возможность работать как с десятками, так и сотнями образцов ежедневно. Вышеперечисленные особенности системы генетического анализа делают ее идеальным генетическим инструментом для валидации, фундаментальных исследований в области генетического картирования и количественной экспрессии генов.

Система MassARRAY - комплексное решение для генетического анализа

  • Высокая эффективность: Точность масс-спектрометрического комплекса MALDI-TOF обеспечивает беспрецедентную чувствительность и специфичность при получении достоверных результатов исследований
  • Максимальная гибкость: Возможность анализировать любую комбинацию из SNP и образцов для удовлетворения различных потребностей исследований
  • Масштабируемость: Система доступна в 24-, 96- и 384-тилуночном формате для лабораторий малой, средней и высокой пропускной способности
  • Простота использования: Программное обеспечение оптимизирует сбор данных и рабочий процесс. Дизайн эксперимента, побор праймеров, их распределение в мультиплексы выполняется программным сервером, встроенным в масс-спектрометр
  • Разнообразие приложений для геномики: Готовые к использованию наборы реагентов для анализа соматических мутаций, генотипирования, анализа метилирования и для количественных приложений (экспрессия генов и число копий гена) обеспечивают широкие возможности для научной работы и экономят время исследователей
  • Работа с любыми образцами: Благодаря тому, что для исследования достаточно короткого ампликона, система MassARRAY подходит для анализа практически всех типов образцов (нативные ткани, замороженные ткани, парафин-формалин фиксированные образцы, биопсийный материал, плазма крови, клетки, сыворотка, щечные соскобы, пробы из ушей, фолликулы)

Технология количественного анализа метилирования с помощью системы MassARRAY является одним из самых надежных доступных на сегодня количественных методов анализа модифицированной ДНК. Количественный анализ метилирования EpiTYPER включает:

  • EpiDesigner: программное обеспечение для таргетного подбора и создания праймера
  • EpiTYPER: наборы реагентов и расходные материалы для всех процессов, связанных с бисульфитным методом
  • Генетический анализатор MassARRAY 4: времяпролетный масс-спектрометр для качественного и количественного анализа образцов
  • EpiTYPER Reporting Software: программное обеспечение, формирующее отчет по анализу данных и графическое представление уровня метилирования на каждом CpG участке для каждого образца

Преимущества технологии анализа метилирования EpiTYPER

  • От бисульфитной конверсии до получения отчета 8 часов
  • Множественный охват CpG сайтов в ампликонах до 600 п.о.
  • Технология совместима с большинством типов образцов, в том числе формалин-парафин фиксированными тканями
  • Высокая производительность и возможность выбирать 24-, 96- или 384-тилуночный формат
  • Высокая точность (5%-ное изменение уровня метилирования)
  • Простота рабочего процесса, не нужно разрабатывать специфические CpG-праймеры, очищать продукты ПЦР
  • Удобные программные решения для сравнительного анализа

Рабочий процесс протокола EpiTYPER

Работа протокола EpiTYPER включает следующие стадии:

  • бисульфитная конверсия геномной ДНК
  • ПЦР-амплификация целевых областей, обратные праймеры содержат промотор Т7 tag
  • in vitro транскрипция РНК с последующим нуклеотид-специфичным расщеплением РНК
  • продукты расщепления анализируют с помощью MALDI-TOF масс-спектрометрии на генетическом анализаторе MassARRAY 4

EpiTYPER: от дизайна эксперимента до результата

Шаг 1. Дизайн эксперимента

Программное обеспечение EpiDesigner представляет собой интернет-инструмент для разработки экспериментов по количественному анализу метилированой ДНК на базе генетического анализатора MassARRAY. Достаточно задать интересующие последовательности, и программное обеспечение подберет конструкцию праймера для максимального охвата локусов ДНК. В дополнение к оптимизации последовательности праймеров, программа для дизайна последовательностей праймеров EpiDesigner содержит понятный и простой для восприятия графический визуализатор ампликонов. EpiDesigner позволяет визуализировать CpG сайты и оценивать их покрытие.

Шаг 2. Бисульфитная конверсия

Из всех образцов выделяют геномную ДНК и подвергают бисульфитной конверсии. Эта процедура преобразует не метилированный цитозин в урацил, в то время как метилированный цитозин не превращается. Результатом такой конверсии является изменение последовательность ДНК в зависимости от её паттерна метилирования, и можно установить, какие CpG-динуклеотиды в исходном образце были метилированы.

Шаг 3. ПЦР, транскрипция in vitro и преобразование РНК

Анализ EpiTYPER начинается с ПЦР, в которой используется обратный праймер с таргетным промотором T7. Праймер нужен для амплификации таргетной области с сохранением изменений, которые появились благодаря бисульфитной конверсии. После обработки щелочной фосфатазой продуктов транскрипции in vitro происходит обратная конверсия урацила в тимин. Полученные фрагменты отличаются по размерам и массе из-за конверсии изначальной последовательности. Эта разница позволяет программному обеспечению сделать вычисления и предоставить данные о количественном метилировании анализируемых таргетных регионов и фрагментов геномной ДНК.

Шаг 4. Сбор и анализ данных

Продукты реакции EpiTYPER переносятся на чип SpectroCHIP. Затем чип помещается в масс-спектрометр MALDI-TOF MassARRAY 4 и анализируется. Для сбора данных, как правило, требуется от 15 до 60 минут. Результаты автоматически загружаются в базу данных протокола EpiTYPER, далее формируются отчеты по каждому образцу.

Программное обеспечение EpiTYPER

Программное обеспечение EpiTYPER представляет собой передовое и удобное решение для количественного анализа метилирования CpG сайтов. Доступны как числовые, так и графические инструменты интерпретации. Для анализируемой последовательности автоматически генерируются биоинформационные данные. Программная опция встроенного контроля качества позволяет отслеживать параметры базового статистического анализа и оценки достоверности данных. Панель EpiGram отображает графическое представление о CpG сайтах в пределах выбранного ампликона, обеспечивая наглядное представление уровней метилирования для удобства сравнения полученных данных.

Информация для заказа

Наборы реагентов для использования с системой генетического анализа MassARRAY и программным обеспечением EpiTYPER доступны для 24-, 96- и 384-тилуночного формата.

Наборы реагентов для анализа EpiTYPER

Кат № Описание Формат
11377 Полный набор реагентов для метилирования 10 x 384

Реагенты, чипы, ПЦР

11379 Полный набор реагентов для метилирования 8 x 24

Реагенты, чипы, ПЦР

10252 Полный набор реагентов для метилирования 10 x 384

Реагенты, чипы

10249 Полный набор реагентов для метилирования 2 x 384

Реагенты, чипы

10247 Полный набор реагентов для метилирования 2 x 96

Реагенты, чипы

Вспомогательные реагенты для панели EpiTYPER

Кат № Описание Формат
10219A Реагенты MassCLEAVE T7 (T Cleavage) 10 x 384

только реагенты

11324 Дополнительные реагенты для ПЦР и ферменты (3 840 реакций) 10 x 384

только ПЦР

11327 Дополнительные реагенты для ПЦР (3 840 реакций) 10 x 384

только ПЦР

01735 Ферменты ПЦР (3 840 реакций) 10 x 384

только ПЦР

10131 EZ 96 набор для бисульфитной конверсии ДНК 192 Rxns

Бисульфитный набор

10132 EZ набор для бисульфитной конверсии ДНК 50 Rxns

Бисульфитный набор



Связаться с нами / оформить заказ

Ваше имя *
Организация *
Контактный телефон
Контактный E-mail *
Интересующий продукт *
Сообщение
пожалуйста, заполните все поля со *

CAPTCHA Подтвердите, пожалуйста, что Вы человек:

При отправке заявки вы соглашаетесь на использование ваших персональных данных