В НАЛИЧИЕ НА СКЛАДЕ КАТАЛОГ


Панель для диагностики муковисцидоза производства Agena Bioscience (США)


Муковисцидоз является одним из наиболее распространенных и опасных для жизни генетических заболеваний, в первую очередь для детей и людей молодого возраста. Носителем аутосомно-рецессивного заболевания является один из 25 человек [1, 3]. Муковисцидоз обусловлен генетическими мутациями вгене CFTR и проявляется в виде хронических заболеваний органов дыхания, желез внешней секреции, поджелудочной железы и желудочно-кишечного тракта, задержки развития и бесплодия.

Существует корреляция между мутациями в 7 хромосоме и нарушениями в структуре и функциях белка – муковисцидозного трансмембранного регулятора проводимости, которые и вызывают заболевание..[2] SNP-генотипирование является чрезвычайно точным методом для обнаружения распространенных мутаций муковисцидоза, обеспечивая идеальное решение для экономически эффективной идентификации носителей этого заболевания. [3, 4, 5]

Разработанная панель для идентификации работает с системой генетического анализа MassARRAY.

Система генетического анализа MassARRAY – это:

  • Гибкость, масштабируемость и экономичность
  • Быстрота и простота рабочего процесса, использование мультиплексных наборов праймеров  и стандартизованных протоколов ПЦР
  • Анализ более 250 образцов в день
  • Открытая платформа для создания пользовательских протоколов

Наиболее распространенные мутации гена CFTR

Американский Колледж Медицинской Генетики и Американский Конгресс акушеров и гинекологов рекомендуют проведение скрининговых исследований по наиболее распространенным мутациям, связанных с муковисцидозом, для всех пар, ожидающих ребенка и планирующих беременность. [3] Данные по дополнительным мутациям обеспечивают более полное покрытие для различных этнических групп (частота встречаемости аллеля > 0,1% в общей популяции) и являются необходимыми для эффективного скрининга носителей не североевропейского происхождения. [1, 7]

Хотя более 1 700 мутаций, связанных с муковисцидозом, уже идентифицированы, лишь немногие из них встречаются с частотой ≥1% в общей популяции. Исследования в Соединенных Штатах и Европе показывают, что > 86% носителей муковисцидоза имеют мутации F508del гена CFTR (рисунок 1).

Рисунок 1. Частота встречаемости различных мутаций в гене CFTR, связанных с муковисцидозом

Пользовательские данные, полученные с помощью генетического анализатора MassARRAY

На сегодняшний день независимыми  лабораториями были исследованы и проанализированы более 100 000 образцов с мутациями гена CFTR с использованием системы генетического анализа MassARRAY.

Компания Agena Bioscience предлагает пользователям сервисные услуги по дизайну эксперимента по профилированию мутаций муковисцидоза.
В Таблице 1 представлены примеры мутаций по гену CFTR, этот же ген был протестирован на хорошо зарекомендовавших себя образцах HapMap с реагентами Coriell Biorepository (MUTCF-2), кроме этого были добавлены дополнительные образцы Coriell с набором мутаций муковисцидоза. В экспериментах наблюдалась 100% корреляция с данными Coriell. [6]

Таблица 1. Наиболее распространенные мутации в гене CFTR.

F508del

I507del

G542X

G85E

R117H

621+1G->T

711+1G->T

R334W

R347P

A455E

1717-1G->A

R560T

R553X

G551D

1898+1G->A

2184delA

2789+5G->A

3120+1G->A

R1162X

3659delC

3849+10kbC->T

W1282X

N1303K

T5/T7/T9

1078delT

394delTT

Y122X

R347H

M1101K

S1255X

1898+5G->T

2183AA->G

2307insA

Y1092X

3876delA

3905insT

S549N

S549R_1645A->C

S549R-1647T->G

V520F

A559T

1677delTA

2055del9->A

2143delT

3199del6

3791delC

406-1G->A

935delA

D1152H

CFTRdele2,3_3’

CFTRdele2,3_5’

E60X

G178R

G330X

K710X

L206W

Q493X

Q890X

R1066C

R1158X

R75X

S1196X

W1089X

G1244E

G1349D

G551S

R560KT

S1251N

S1255P

F508C

I507V

I506V

Болдом выделены 23 ACMG/ACOG-клинически рекомендованные мутации.
Остальные представляют собой еще 49 наиболее распространенных варианта (частота аллелей > 0.1%).

Рабочий процесс

Проводится мультиплексная ПЦР с использованием 10 нг геномной ДНК с последующей стадией аллель специфичной ПЦР на реагентах iPLEX Pro. Продукты аллель специфичной ПЦР наносятся на спектральный чип SpectroCHIP с последующей детекцией с помощью системы генетического анализа MassARRAY.

Производительность

Система генетического анализа MassARRAY представлена в 24-, 96- и 384-луночных форматах, весь процесс занимает 8 часов. Благодаря гибкости и высокой пропускной способности генетического анализатора в течение дня можно проанализировать от десятков до сотен образцов.

Литература

  1. Grody WW, Cutting GR, Klinger KW, Richards CS, Watson MS, et al. (2001) Laboratory standards and guidelines for population-based cystic fibrosis carrier screening. Genet Med 3(2):149-54.
  2. Langfelder-Schwind E, Kloza E, Sugarman E, Pettersen B, Brown T, et al. (2005) Cystic fibrosis prenatal screening in genetic counseling practice: recommendations of the National Society of Genetic Counselors. J Genet Couns 14(1):1-15.
  3. Update on carrier screening for cystic fibrosis. www.acog.org.
  4. Farkas DH, Miltgen NE, Stoerker J, van den Boom D, Highsmith WE, et al. (2010) The suitability of matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry in a laboratory developed test using cystic fibrosis carrier screening as a model. J Mol Diagn 12(5):611-9.
  5. 2013 Cyctic Fibrosis Foundation patient registry annual data report to the center directors. www.cff.org.
  6. MUTCF-2 gene mutation panel. www.catalog.coriell.org.
  7. Heim RA, Sugarman EA, Allitto BA. (2001) Improved detection of cystic fibrosis mutations in the heterogeneous U.S. population using an expanded, pan-ethnic mutation panel. Genet Med 3(3):168-76.


Связаться с нами / оформить заказ

Ваше имя *
Организация *
Контактный телефон
Контактный E-mail *
Интересующий продукт *
Сообщение
пожалуйста, заполните все поля со *

CAPTCHA Подтвердите, пожалуйста, что Вы человек:

При отправке заявки вы соглашаетесь на использование ваших персональных данных